El diagnòstic de l'endometriosi pot ser difícil depenent d'on es trobin els implants.
En funció de la gravetat dels símptomes, la localització dels implants d'endometri i la seva grandària, pot diagnosticar-se mitjançant:
- Ecografia
- Ressonància magnètica nuclear (RMN)
- Laparoscòpia
- Anàlisi de biomarcadors de l'endometriosi