Il est également possible d'évaluer la qualité séminale à travers l'étude du contenu génétique des spermatozoïdes. D'un côté, on peut étudier l'intégrité de l'ADN, qui est fondamental pour obtenir un développement embryonnaire correct. Cependant, parfois, il est fragmenté. Le test de fragmentation évalue le pourcentage de spermatozoïdes fragmentés dans l'ejaculat.
D'un autre côté, on peut étudier si si le contenu chromosomique des spermatozoïdes est correct grâce à l'analyse FISH (5 paires de chromosomes sont évaluées) ou Chromosperm (un profil chromosomique général est évalué). Un éjaculat avec un pourcentage élevé de spermatozoïdes chromosomiquement altérés pourrait entraîner un plus grand nombre d'embryons aneuploïdes.
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