Afin de déterminer l'existence d'une endométriose, un diagnostic différentiel est posé, c'est-à-dire qu'au moyen de différents tests, d'autres altérations ou maladies pouvant présenter la même manifestation sont exclues. Dans le cas de l'endométriose, pour confirmer que la femme est réellement atteinte de cette pathologie, il est indispensable de procéder à une laparoscopie. En visualisant les implants endométriaux et en analysant les tissus qui les composent au moyen d'une biopsie, le cancer ou toute autre pathologie peut être écarté en toute sécurité.
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