Lors d'une biopsie de blastocyste pour le DPI, au moins 4-5 cellules sont prélevées du trophoectoderme, qui est la partie de l'embryon qui donnera naissance à des structures extra-embryonnaires comme le placenta.
Pour éviter que le blastocyste ne soit endommagé lors de la biopsie, la masse cellulaire interne est placée du côté opposé à celui de l'extraction afin de s'assurer qu'elle reste intacte.