Le syndrome de Kallmann est associé à l'hypogonadisme hypogonadotrope, où la fonction de l'hypothalamus et/ou de l'hypophyse est modifiée.
Par conséquent, le manque d'hormones sexuelles masculines et féminines affectera le développement sexuel des deux sexes. Ces patients souffriront d'une absence de traits secondaires s'ils ne sont pas traités par hormonothérapie substitutive, en plus de souffrir de stérilité.